Chính vì cấu tạo của màng lọc HEPA khá tinh vi nên nó cũng đảm nhiệm một chức năng vô cùng quan trọng. Trên máy lọc không khí, màng lọc này sẽ giúp lọc sạch các vi khuẩn, lông thú, hạt phấn hoa, khói bụi hoặc các tác nhân khác ảnh hưởng đến sức khỏe.